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長々と書いたが、結論はこれだけ。
Perl外部に存在する”バイナリ” と Perl内部に存在する”Perl文字列”
“バイナリ”を○○コードとみなして、”Perl文字列”に変換するのがEncodeモジュール

Perl の内部表現の一つはたまたま UTF-8 です。内部表現は何か分からないエンコーディングで、常に明示的にエンコードと デコードが必要ということにしておいた方がよいです。 - JavaScriptとかPerlとかPHPとかさくらVPSとか勉強する